[대법원판례] 취득세 등 경감 대상인 지식산업센터에 입주할 수 있는 사업시설용 부동산의 의미가 문제 된 사건

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이 판례는 ‘지식산업센터 내 사업시설용 부동산’에 대한 취득세·재산세 감면요건 중 “제조업을 운영하기 위한 시설”을 실질적인 공장(제조시설을 갖춘 사업장)으로 한정해서 엄격하게 해석해야 한다고 본 사건입니다.

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사건의 핵심 결론

• 구 지방세특례제한법 제58조의2 제1항이 말하는 “제조업을 운영하기 위한 시설”은 단순히 제조업 코드에 해당하는 사무실이나 영업공간이 아니라, 기계·장치 등 물품제조공정을 실제로 형성하는 제조시설을 갖춘 공장을 의미합니다.
• 지식산업센터 내 제조업체가 제조시설 없이 사무실·영업·기획·디자인·물류 기능만 수행하는 공간은 취득세·재산세 감면 대상 “사업시설용 부동산”에 포함되지 않을 수 있다는 방향으로 해석을 정리한 것입니다.
• 원심은 “제조업을 운영하기 위한 시설이면 제조시설이 없어도 감면 대상”이라고 넓게 본 반면, 대법원은 조세감면 규정의 엄격해석 원칙을 적용해 이를 파기하고 환송했습니다.

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사실관계 정리

• 원고 회사: 등산화·등산의류·등산용품 제조·판매 법인.
• 토지 취득: 2015.11.19. 및 2016.3.11. 강남구 △△동 토지 연부취득, 토지분 취득세 등 신고·납부.
• 지식산업센터 신축: 2019.3.25. 지상 9층, 지하 1층, 연면적 약 3.9만㎡ 규모의 지식산업센터를 신축.
  • 전용 9,427.71㎡: 원고 본점 시설 용도(‘이 사건 본점 면적’).
  • 전용 4,202.07㎡: 중소기업 임대·임대 예정 용도(‘이 사건 임대 면적’).
  • 집합건축물대장상 3~9층 용도: “공장(도시형공장-지식산업센터)”로 기재.
• 취득세 등: 토지·건물 취득세, 지방교육세, 농어촌특별세 신고·납부.
• 경정청구:
  • 논리: 본점·임대 면적이 제조업 운영 시설용으로 직접·임대 사용되므로 구 지방세특례제한법 제58조의2에 따라 취득세·재산세를 감면해야 한다는 취지로 일부 환급 경정청구.
  • 지자체(강남구청장)의 입장: “해당 부분에 제조시설(기계·장치 등)이 갖추어져 있지 않다”는 이유로 경정청구를 거부(경정거부처분).
• 이어서, 감면 면적 축소에 따라 토지 2017·2018년 귀속 재산세·지방교육세를 추가 부과(재산세 등 부과처분).
• 조세심판: 일부(2층 공실 부분)만 인용, 나머지 처분은 유지.
• 원고는 경정거부처분 및 재산세 등 부과처분 취소소송을 제기, 서울고법은 원고 승소(감면 인정) → 서울특별시 강남구청장이 상고.

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쟁점 구조

1. 관련 법규의 체계

1. 구 지방세특례제한법 제58조의2 제1항(이 사건 법률조항)

• “산업집적법 제28조의2에 따라 지식산업센터를 설립하는 자”에 대해
  • 제1호: 사업시설용으로 신축·증축 취득하는 부동산에 취득세를 일정 비율 경감.
  • 제2호: 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하거나 분양·임대 업무에 직접 사용하는 부동산에 재산세를 일정 비율 경감.
• 여기서 “사업시설용 부동산”은 산업집적법 제28조의5 제1항 제1호·제2호에 따른 지식산업센터 입주 가능 시설을 전제로 합니다.

1. 산업집적법 제28조의5 제1항 제1호

• “지식산업센터에 입주할 수 있는 시설은 제조업, 지식기반산업, 정보통신산업, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사업을 운영하기 위한 시설로 한다.”
• 쟁점 표현: “제조업을 운영하기 위한 시설”.

1. 산업집적법 제2조 제1호·제13호 및 시행령 제2조, 제4조의6

• 제2조 제1호:
  • “공장” = 건축물·공작물, 물품제조공정을 형성하는 기계·장치 등 제조시설과 그 부대시설을 갖추고, 대통령령으로 정하는 제조업을 하기 위한 사업장으로 대통령령으로 정하는 것.
• 제13호:
  • “지식산업센터” = 동일 건축물에 제조업·지식산업·정보통신산업을 영위하는 자와 지원시설이 복합적으로 입주하는 다층형 집합건축물.
• 시행령 제4조의6 제2호:
  • 지식산업센터는 공장·지식산업 사업장·정보통신산업 사업장이 6개 이상 입주할 수 있는 건축물이어야 한다.

1. 시행령 제2조 제1항·제2항 및 시행규칙 제2조 제1호, 한국표준산업분류

• 시행령 제2조 제1항:
  • 제조업 범위는 통계법 제22조에 따른 통계청 고시 한국표준산업분류의 제조업으로 정의.
• 한국표준산업분류 Ⅲ.C.3.(자)항:
  • 직접 생산시설 없이 다른 제조업체에 의뢰해 생산하고, 설계·원재료 제공·자기계정 판매 등의 조건을 충족하면 “제조업”으로 분류하는 아웃소싱형 제조를 인정.
• 시행령 제2조 제2항, 시행규칙 제2조 제1호:
  • 공장 범위에 제조시설·시험생산시설 및 사무실·창고 등의 부대시설 포함.

2. 구체적 법적 쟁점

• 질문: “지식산업센터 내에서 제조업을 운영하는 사업자가 사용하는 면적이 취득세·재산세 감면 대상이 되려면,
  1. 단지 ‘제조업’으로 분류되는 사업활동을 하는 공간이면 충분한가?
  2. 아니면 그 공간이 제조시설을 갖춘 공장에 해당해야 하는가?”

대법원은 2번 입장을 선택하여, “제조업을 운영하기 위한 시설”을 공장 개념에 연결해 해석했습니다.

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원심(서울고법)의 논리와 한계

서울고법은 다음과 같이 비교적 넓게 감면 범위를 인정했습니다.

• 문언상 “제조업을 운영하기 위한 시설”이라고만 되어 있고, “공장” 또는 “제조시설을 갖춰야 한다”는 표현이 직접적으로 들어 있지 않으므로 감면요건으로 제조시설 구비는 요구되지 않는다고 보았습니다.
• 산업집적법 시행령 및 한국표준산업분류가 아웃소싱형 제조업도 “제조업”으로 포섭하고 있고, 거기에 제조시설 의무는 없으므로, 지식산업센터 내 “제조업을 운영하는 사업장”이라면 공장 여부와 무관하게 감면 대상이라고 해석해야 한다고 보았습니다.
• 제조업 이외 지식기반산업·정보통신산업은 애초 제조시설이 필요 없는데도 동일하게 감면을 인정하는 구조를 고려하면, 제조업만 제조시설을 갖춘 공장이어야 한다고 보는 것은 합리적 목적을 찾기 어렵다고 보았습니다.
• 2010년 입법에서 “아파트형공장”을 “지식산업센터”로 변경하면서 제조업 외 다른 업종도 포함하도록 구조를 개편한 점도, “제조업을 운영하기 위한 시설” 범위를 공장과 동일하게 좁게 볼 수 없다는 근거로 활용했습니다.

대법원은 이러한 원심의 논리가 조세감면규정의 엄격해석원칙과 체계적 해석에 반한다고 평가했습니다.

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대법원의 법리적 접근

1. 조세법규 해석의 원칙

• 조세법률주의에 따라 과세요건·비과세요건·감면요건 모두 법문에 따른 해석이 원칙이며, 합리적 이유 없이 확장·유추해석은 허용되지 않습니다.
• 특히 명백한 특혜규정에 해당하는 감면규정은 엄격하게 해석해야 조세공평원칙에 부합합니다.
• 감면조항이 다른 법률을 인용하고 있을 때는, 그 인용된 법률 및 시행령 전체와 체계조화적 해석을 통해 의미를 파악해야 합니다.

2. “제조업을 운영하기 위한 시설” = 공장이라는 구조

대법원은 다음과 같이 인용조문을 연결시켜 해석합니다.

1. “지식산업센터를 설립하는 자” 요건과 지식산업센터 정의

• 구 지방세특례제한법 제58조의2에서 감면 대상으로 삼는 “지식산업센터를 설립하는 자”의 지식산업센터는 산업집적법 제2조 제13호 정의를 따라야 합니다.
• 시행령 제4조의6 제2호에서 지식산업센터는 “공장, 지식산업 사업장, 정보통신산업 사업장이 6개 이상 입주할 수 있는 건축물”로 한정되어 있어, 제조업 분야에서 입주 가능한 사업장은 곧 공장에 대응하는 구조입니다.

1. 공장 정의와 제조시설 필수성

• 공장은 “제조시설과 부대시설을 갖추고 제조업을 하기 위한 사업장”이며, 시행령·시행규칙은 제조시설·시험시설·부대시설(사무실·창고 등)을 포괄합니다.
• 따라서 “제조업을 운영하기 위한 시설”은 이 공장 개념을 전제로 하는 것으로, 제조시설이 없는 단순 사무실·영업소·기획실은 해당하지 않는다고 봄이 타당하다고 했습니다.

1. 제조업과 공장의 관계

• 산업집적법에서 “제조업”은 공장·제조시설을 전제하는 개념으로 이해해야 하며, 세법상의 감면대상이 되는 “제조업을 운영하기 위한 시설”은 공장급 설비를 갖춘 사업장으로 한정해야 한다고 봅니다.

1. 기타 체계적 요소

• 산업집적법 제28조의2는 지식산업센터 설립승인 등에 관한 규정에서 공장 설립승인 및 제조시설 설치승인 규정들을 준용하고 있어, 지식산업센터 내 제조업 시설이 공장·제조시설 설치를 전제로 한다는 구조를 보입니다.
• 시행령 제36조의4 제5·6항도 지식산업센터에서 제조업을 하기 위한 시설을 도시형공장으로 한정하거나, 사무실·창고 등 부대시설을 별도 구역에 설치하도록 하는 등 “제조시설을 갖춘 공장”을 중심으로 지식산업센터의 구조를 그립니다.
• 입법연혁상 “아파트형공장” → “지식산업센터” 명칭 변경은 첨단산업 입주 확대를 위한 용어조정일 뿐, 제조업 시설의 공장성 요건을 완화하려는 취지로 볼 수는 없다고 명확히 합니다.

이러한 체계 조화적 해석을 통해, 대법원은 “제조업을 운영하기 위한 시설”을 제조시설이 설치된 공장으로 해석하는 것이 문언·입법목적·체계에 가장 부합한다고 판단했습니다.

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이 사건에서의 구체적 판단 방향

대법원은 다음과 같은 판단 구조를 취했습니다.

• 우선 법리적으로 “제조업을 운영하기 위한 시설”은 제조시설까지 갖춘 공장으로 한정된다고 선언.
• 그 다음, 이 사건 본점 면적·임대 면적이 각 과세기준 시점에 실제로 물품제조공정을 형성하는 기계·장치 등 제조시설을 갖추고 있었는지를 원심법원이 심리했어야 한다고 지적합니다.
• 그런데 원심은 “제조시설이 없어도 제조업 운영시설이면 감면 대상”이라는 잘못된 전제 위에서 각 처분을 위법하다고 보았으므로,
  • 조세감면 요건 및 산업집적법령 해석에 관한 법리오해
  • 필요한 심리 미진
    을 이유로 원심판결을 파기하고 서울고법에 환송했습니다.

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실무상 함의와 포인트 

1. 지식산업센터 취득세·재산세 감면 요건 검토 실무

• 제조업체 입주 공간 감면을 검토할 때,
  • 단순히 한국표준산업분류상 “제조업 코드” 여부만 보지 말고,
  • 해당 호실·층에 실제로 제조시설(기계·장치 등)이 설치되어 공장으로 기능하는지 여부를 핵심 판단요소로 삼아야 합니다.
• 지식산업센터 내 본사 사무실·디자인실·영업부서·물류센터 등은 제조업자 소속이라도, 제조시설 없는 경우 감면 대상에서 제외될 위험이 크다는 점을 고객에게 명확히 안내할 필요가 있습니다.

2. 세무·부동산 컨설팅 시 주의사항

• 분양·임대 마케팅에서 “지식산업센터 입주 시 취득세 감면”을 광고하는 경우, 제조업 임차인의 사무실·전시실·영업공간이 자동으로 감면 대상이 되는 것처럼 설명하는 것은 위험합니다.
• 감면 신청·경정청구를 준비할 때는
  • 제조시설 배치도, 설비 목록, 사진, 제조공정 자료 등 공장성 입증자료를 확보·제출하는 것이 중요해집니다.

3. 소송·심판 사건에서의 쟁점 설계

• 이 판례는 향후 유사 사건에서 지자체가 “감면 대상은 공장만”이라는 입장을 취할 때 강력한 논거로 쓰일 판례입니다.
• 반대로 납세자 측에서는
  • 해당 공간이 공장부지 내 부대시설(사무실·창고 등)로 공장 범위에 포함된다는 점
  • 제조시설과 일체의 생산공정에 기능적으로 결합되어 있다는 점
    을 중심으로 “공장 범위” 안에 해당 공간이 포함된다는 사실인정 싸움으로 전개될 가능성이 큽니다.

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요약 포인트 

• 키워드: 조세감면규정 엄격해석 / 지식산업센터 / 제조업을 운영하기 위한 시설 = 공장.
• 실무적으로는 “제조시설이 있는지 없는지”가 취득세·재산세 감면 여부를 가르는 결정적 지표가 되었고, 지식산업센터 내 제조업체 사무실·영업공간의 감면 인정 가능성이 상당히 축소되는 방향으로 법리가 정리됐다고 볼 수 있습니다.

 

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