종합부동산세 1세대 1주택자 특례 적용 요건에 관한 법리적 해석 및 실무적 함의: 대법원 2025. 9. 11. 선고 2025두33779 판결

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I. 서론: 대법원 2025두33779 판결의 의의 및 핵심 쟁점

 

1.1. 판결 개요 및 사안의 중요성

 

본 보고서에서 분석하는 대법원 2025. 9. 11. 선고 2025두33779 판결(종합부동산세부과처분취소 사건)은 종합부동산세(이하 '종부세') 과세표준 산정 시 적용되는 '1세대 1주택자 특례'의 적용 범위를 엄격하게 제한하는 중요한 선례를 확립하였다. 이 사건의 핵심 쟁점은 주택 소유자가 속한 세대의 다른 세대원(배우자)이 대통령령으로 정하는 '지방 저가주택'을 소유하고 있는 경우, 해당 주택 소유자에게 종부세법상 1세대 1주택자 지위를 부여할 수 있는지 여부였다.

대법원은 이 쟁점에 대해 소극(종합부동산세 1세대 1주택자로 볼 수 없음)으로 판단하며 상고를 기각하였다. 이 판결은 종부세 특례 규정 해석에 있어 조세법률주의와 조세 공평의 원칙을 강조하며, 세대 단위의 실질적 주택 현황보다 납세의무자 본인을 기준으로 법 문언을 엄격히 적용해야 한다는 점을 명확히 하였다. 이는 고액 자산가 및 세무 전문가들의 종부세 관련 세무 설계에 중대한 영향을 미치는 법리적 해석으로 평가된다.

 

1.2. 종부세 '1세대 1주택자 특례'의 법적 구조와 혜택

 

종합부동산세는 인별 합산 과세 방식에 따라 과세기준일 현재 주택분 재산세의 납세의무자별로 부과된다. 구 종합부동산세법 제8조 제1항에 따르면, 종부세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액에서 기본 공제 금액을 공제하여 산정된다.

∎ 일반 공제: 다주택자 또는 세대원 간 분산 소유자의 경우, 납세의무자별로 6억 원을 공제한다.

∎ 1세대 1주택자 특례 공제: 과세기준일 현재 세대원 중 1인만이 주택을 단독으로 소유한 경우(구 종부세법 시행령 제2조의3 제1항), 기본 공제 6억 원 외에 추가로 5억 원을 공제하여 총 11억 원을 공제받을 수 있다. 또한, 이 지위를 확보해야 고령자 및 장기보유에 따른 최대 80%의 높은 세액공제 혜택을 적용받을 수 있다.

이처럼 종부세는 인별 과세를 기본으로 하면서도, 주거 안정 목적이 강한 1세대 1주택자에게는 세대 단위의 기준을 적용하여 상당한 세제 혜택(총 11억 원 공제 및 세액공제)을 부여하는 구조적 특성을 지닌다.

 

1.3. 핵심 쟁점의 구조화: 지방 저가주택 특례의 소유 주체

 

구 종합부동산세법 제8조 제4항은 납세의무자가 1주택 외에 추가 주택을 소유하더라도 예외적으로 1세대 1주택자로 간주하는 특례 규정을 두고 있다. 이 중 제4호는 "1주택과... 지방 저가주택을 함께 소유하고 있는 경우"에 1세대 1주택자로 본다고 규정한다.

본 사건의 법적 논란은 이 '함께 소유'의 주체를 어떻게 해석할 것인지에 집중되었다. 원고 측은 세대 단위의 주택 소유 현황을 고려하여, 세대원(배우자)이 지방 저가주택을 소유한 경우에도 특례를 적용해야 한다고 주장하였다. 반면, 과세 당국은 인별 과세 원칙상 특례의 혜택을 받는 납세의무자 본인이 주택과 지방 저가주택을 모두 소유해야 특례가 적용된다고 보았다.

이러한 법리 해석은 종부세가 본래 인별 과세 체계임에도 불구하고 1세대 1주택자에게 세대 단위의 혜택을 부여하는 구조적 모순을 다루는 과정에서 발생하였다. 대법원이 이러한 구조적 모순에 대한 판단을 통해 종부세의 핵심 축인 인별 과세 원칙이 세대별 혜택보다 우위에 있음을 명확히 하였다는 점에서 사법적 의미가 크다.

 

II. 사안의 개요 및 원심 판단의 근거

 

2.1. 구체적인 사실 관계

 

본 사건의 원고(납세의무자)와 그의 배우자는 2022년 귀속 종부세 과세기준일(2022. 6. 1.) 현재 동일 세대를 구성하고 있었다.

∙ 원고 (납세의무자) 소유 주택: 서울 강남구 소재 아파트 1채. 공시가격은 1,398,000,000원이다.

∙ 배우자 (세대원) 소유 주택: 속초시 소재 아파트 1채. 공시가격은 57,900,000원으로, 이는 지방 저가주택의 요건을 충족하는 금액이었다.

원고는 본인이 1세대 1주택자로서 특례 공제(총 11억 원)를 적용받아야 한다고 주장하였으나, 피고(역삼세무서장)는 원고와 배우자가 각각 주택을 소유하고 있어 구 종부세법 제8조 제4항 제4호에 따른 '1세대 1주택자로 간주되는 경우'에 해당하지 않는다고 판단하였다. 이에 따라 피고는 원고에게 2022년 귀속 종부세 2,309,740원 등을 결정·고지하는 처분을 내렸다 (이 사건 처분).

 

2.2. 원고의 주장 및 원심(서울고등법원) 판단 경과

 

원고는 본인 소유의 1주택과 배우자 소유의 지방 저가주택을 합쳐 세대 전체적으로는 '1주택과 지방 저가주택을 함께 소유'한 것으로 보아 종부세법 제8조 제4항 제4호의 특례를 적용해야 한다고 주장하며 부과 처분의 취소를 구했다.

그러나 원심(서울고등법원 2025. 4. 23. 선고 2024누57011 판결)은 이러한 원고의 주장을 배척하고 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였다. 원심은 특히 조세법률주의 원칙에 따라 조세 감면 요건을 합리적 이유 없이 확장하거나 유추 해석하는 것이 조세공평주의에 반하므로 허용되어서는 안 된다는 법리를 적용하여, 원고가 특례 요건을 충족하지 못한다고 결론 내렸다.

 

III. 대법원의 최종 법리: 엄격해석과 조세 공평주의

 

3.1. 종부세법 해석 기준 및 인별 과세 원칙의 재확인

 

대법원은 상고심에서 종부세법 규정 해석에 관한 일반 원칙을 재확인하였다. 조세법률주의 원칙상 조세법규의 해석은 법문대로 해석하는 것이 원칙이며, 납세자에게 유리하더라도 비과세 및 감면 요건을 확장 해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 않는다. 다만, 법규 상호 간의 해석을 통해 의미를 명확히 할 필요가 있는 경우에는 법적 안정성과 예측 가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적을 고려한 합목적적 해석이 허용된다는 점을 덧붙였다.

종부세는 본질적으로 주택분 재산세의 납세의무자를 기준으로 하는 인별 합산 과세 방식을 채택하고 있다. 따라서 종부세 과세표준 공제 대상인 1세대 1주택자 지위 판단 역시 납세의무자 개인의 소유 현황을 중심으로 이루어져야 한다는 점을 전제로 하였다.

 

3.2. 제8조 제4항 제4호 ('함께 소유')의 엄격한 문언 해석

 

대법원은 구 종합부동산세법 제8조 제4항 제4호의 "1주택과... 지방 저가주택을 함께 소유하고 있는 경우"라는 문언에 주목하며, 이를 납세의무자 본인의 소유 형태에 국한하여 해석하는 것이 타당하다고 판시하였다.

이러한 판단은 제8조 제4항의 다른 특례 조항들과의 구조적 통일성을 고려한 결과이다. 예를 들어, 제8조 제4항 제2호는 '1세대 1주택자'가 다른 주택을 대체 취득하여 일시적 2주택이 된 경우를 규정하고 있는데, 이는 납세의무자 본인의 소유 행위를 전제하고 있다. 만약 제4호의 '함께 소유'를 세대원 간 분산 소유까지 포함하는 의미로 확장 해석한다면, 이는 해당 항의 다른 특례 조항들과의 통일성을 해치고, 종부세가 취하는 인별 합산 과세 체계를 무너뜨리는 결과를 초래하게 된다.

종부세법 시행령 제2조의3 제1항은 1세대 1주택자를 '세대원 중 1명만이 주택분 재산세 과세대상인 1주택만을 소유한 경우로서 그 주택을 소유한 거주자'로 명시한다. 즉, 종부세 1세대 1주택자 특례는 납세의무자 1인이 주택을 소유하고 있다는 전제 하에 추가 혜택을 부여하는 것이므로, 지방 저가주택 특례 역시 납세의무자 본인의 소유 상태에 대한 예외적 구제책으로 한정되어야 한다. 이를 부부 등 세대원 간 분산 소유까지 인정하는 것은 명확한 법적 근거 없이 감면 규정을 확장하는 유추 해석이 되며, 이는 조세공평주의 원칙에 반한다.

따라서, 본 사안과 같이 원고(주택 소유자)와 그의 배우자(지방 저가주택 소유자)가 주택을 분산하여 소유한 경우에는 원고가 제8조 제4항 제4호의 특례 요건을 충족하지 못하며, 원심이 이 사건 처분을 적법하다고 판단한 것은 정당하다고 대법원은 결론지었다.

 

IV. 구조적 비교 분석 및 실무적 파급 효과

 

4.1. 종부세와 양도소득세 간 '지방 저가주택' 해석의 결정적 괴리

 

이 판결이 실무에 미치는 가장 중요한 영향은 종부세(보유세)와 양도소득세(거래세) 간의 '지방 저가주택' 특례 적용 기준이 결정적으로 분리되었다는 점이다.

 

구분	종합부동산세 (보유세)	양도소득세 (거래세)
과세 단위	인별 합산 과세 (납세의무자 기준)	세대별 과세 (거주자 기준)
특례 근거 조항	종부세법 제8조 제4항 제4호	소득세법 시행령 제167의3 제1항 제1호 등
특례의 효과	납세의무자에게 1세대 1주택자 지위 부여 (11억 공제, 세액공제 가능)	주택 수 산정에서 제외 (다주택 중과 배제)
특례 적용 요건 (소유 주체)	납세의무자 본인이 1주택과 지방 저가주택을 모두 소유해야 함 (2025두33779 판결)	세대원 소유 여부와 관계없이 세대 전체의 주택 수 산정 시 지방 저가주택이 제외됨 (중과 배제 목적)
실무적 위험	부부 간 분산 소유 시 특례 상실, 막대한 세액공제 불가능	비과세 혜택은 불가, 중과만 배제되는 한계 존재

 

납세자들은 흔히 양도소득세의 특례 기준(세대 단위로 주택 수 제외)에 익숙하여 종부세 특례 역시 세대원 간 소유 분산이 허용될 것이라고 오인할 수 있다.

그러나 대법원은 종부세의 경우, 1세대 1주택자로서의 특례 지위(11억 원 공제 및 세액공제)를 얻기 위해서는 지방 저가주택까지도 납세의무자 본인이 집중하여 소유해야 한다는 원칙을 확고히 하였다. 이로써 양도소득세 기준을 종부세에 대입하는 세무 설계는 이제 명백히 위험하다고 판단된다.

 

4.2. 세대원 분산 소유 시 종부세 부담의 가중 효과

 

이 판결의 실제적 파급 효과는 단순한 5억 원의 추가 공제 상실을 넘어선다. 원고의 경우, 배우자가 지방 저가주택을 소유했다는 이유만으로 1세대 1주택자 지위를 잃게 되며, 그 결과 일반 공제 6억 원만 적용받아 230여만 원의 종부세가 부과되었다.

더 중요한 것은, 1세대 1주택자 지위를 상실할 경우 고가 주택 소유자에게 가장 큰 혜택인 고령자 및 장기보유 세액공제(최대 80%) 적용 대상에서 원천적으로 제외된다는 점이다. 주택 공시가격이 15억 원을 초과하는 고가 주택의 경우, 이 세액공제 혜택은 5억 원의 추가 공제보다 훨씬 큰 세액 절감 효과를 가져온다. 따라서 이 판결은 고가 주택을 소유한 세대가 종부세 부담을 줄이기 위해 주택 명의를 분산 소유하는 경우, 지방 저가주택 하나로 인해 모든 세제 혜택을 잃게 되는 막대한 손실을 감수해야 한다는 점을 시사한다. 이는 고가 주택 소유자의 세무 설계 난이도를 극도로 높이는 요소로 작용한다.

 

4.3. 국세청 유권해석의 사법적 확정 및 실무적 예측 가능성

 

이번 대법원 판결은 이미 국세청이 사전 유권해석(사전-2024-법규재산-0741)을 통해 밝힌 견해, 즉 "거주자와 그 배우자가 1주택과 지방 저가주택을 각각 소유하고 있는 경우에는 종부세법 제8조 제4항 제4호에 따른 1세대 1주택자에 해당하지 않는다"는 입장을 사법적으로 완전히 확정하였다.

이로써 지방 저가주택 특례의 적용 범위에 대한 행정부와 사법부의 판단이 통일되었으며, 향후 동종 사안에 대한 납세자들의 조세 불복 가능성은 거의 사라지게 되었다. 납세자들은 과세 당국의 해석과 법원의 판단을 예측 가능하게 되었으나, 그 해석의 방향이 납세자에게 불리한 '엄격 해석'으로 귀결되었음을 인지해야 한다.

 

V. 결론 및 실무적 제언

 

5.1. 판결의 최종 요약 및 법적 중요성

 

대법원 2025두33779 판결은 구 종합부동산세법상 조세 감면 특례 규정인 지방 저가주택 특례(제8조 제4항 제4호)가 세대원 간의 주택 소유 분산을 통한 종부세 회피 수단으로 활용될 수 없음을 명확히 하였다. 이 판결은 조세 감면 규정 해석 시 법 문언을 엄격히 적용해야 하며, 종부세가 기본적으로 인별 과세 체계임을 고려할 때, 1세대 1주택자 특례는 납세의무자 본인의 소유 주택에 한정하여 적용되어야 한다는 확고한 법적 기준을 제시하였다. 이는 납세의무자가 1주택 외의 지방 저가주택을 소유하더라도, 해당 지방 저가주택의 명의가 배우자 등 다른 세대원에게 분산되어 있을 경우 특례가 배제된다는 점을 최종적으로 확인한 것이다.

 

5.2. 납세자 및 세무 전문가를 위한 실무적 제언

 

이 판결에 따라 종부세 관련 세무 설계 시 다음의 사항들이 필수적으로 요구된다.

 

∎ 소유 명의 일원화 원칙의 확립: 종부세 1세대 1주택자 특례(11억 원 공제 및 세액공제)를 확보하고자 하는 납세자는 본인 소유의 1주택 외에 지방 저가주택이나 상속 주택 등 특례 대상 주택을 소유하는 경우에도, 해당 특례 주택의 명의를 반드시 납세의무자 본인 명의로 통합하여야 한다. 배우자 등 세대원 명의로 분산 소유하는 경우 1세대 1주택자 지위가 상실되어 막대한 세액 손실을 초래한다.

∎ 보유세와 거래세의 철저한 구분: 세무 전문가는 납세자들이 양도소득세의 지방 저가주택 특례(세대 단위 적용)와 종부세 특례(인별 단위 적용)를 혼동하지 않도록 명확하게 안내해야 한다. 세목별 과세 단위를 기준으로 한 세무 설계가 필수적이다.

∎ 과세기준일 이전 명의 정리의 중요성: 종합부동산세의 과세 기준일은 매년 6월 1일이다. 특례 적용을 받기 위해서는 과세기준일 이전에 지방 저가주택의 명의를 1세대 1주택자 본인에게로 정리하는 등 선행적인 조치가 필수적이다. 이미 과세 처분을 받은 경우, 이 판결의 법리 확정으로 인해 불복 소송을 통한 승소 가능성은 매우 낮다.

 

5.3. 향후 입법적 개선 방향에 대한 전망

 

현행 종부세법은 인별 과세와 세대별 특례가 혼재되어 있어 법 해석상 논란이 반복되고 있다. 특히 지방 저가주택 특례의 입법 취지가 투기 목적이 아닌 실수요자의 주택 소유 형태를 구제하려는 데 있다면, 부부 공동의 세무 설계 및 소유 형태를 배제하는 것이 과연 합목적적인지에 대한 의문이 제기될 수 있다.

납세자의 예측 가능성을 높이고 입법 취지에 부합하기 위해서는, 향후 관련 법령 개정 논의 시 지방 저가주택 특례를 세대원 전체에게 확대 적용할 것인지, 아니면 현행 대법원 해석대로 인별 기준으로 엄격히 유지할 것인지에 대한 명확한 입법적 결단이 필요하다. 만약 확대가 어렵다면, 현행 법령상 '함께 소유'의 주체가 납세의무자 본인임을 더욱 명확히 명시하여 세대원 간 소유 분산 구조의 위험성을 최소화해야 할 것이다.

 

표: 구 종합부동산세법상 주택 소유 형태별 과세표준 공제 비교

 

구분	납세의무자	소유 주택 수 (세대 기준)	공제 방식	총 공제 금액 (2022년 귀속 기준)	본 판결 적용 결과
1세대 1주택자 (단독 소유)	1인	1주택	인별 특례 공제	11억 원 (6억+5억)	특례 적용
일반 다주택자	1인 또는 다수인	2주택 이상	인별 기본 공제	6억 원 (인당)	일반 과세
본 판결 사안 (분산 소유)	원고 (서울 아파트 소유)	2주택 (1주택 + 지방 저가주택)	인별 기본 공제	6억 원	11억 공제 불허